从胎儿时期起直至完全成长为青年人的整个时期中，各种物理的、化学的、生物的有害因素均可不同程度地损伤儿童的脑组织，产生各种精神障碍。年龄越小，脑组织越容易受到伤害，如胎儿期受到伤害后产生的问题就更严重。但另一方面，儿童是一个发育成长的个体，故其脑组织只要不是全面受到损伤，则正常部分代偿损伤部分功能的能力是年龄越小越易于代偿。因此，对于儿童脑损伤的预防，应从胎儿期就特别重视，而对于已有脑损伤的患儿的康复训练，则开始的越早越好。严重的脑损伤导致智力的低下，而轻微脑损伤则常产生行为与情绪的改变或人格障碍。现将常见的可导致脑损伤的原因分述如下：
一、感染性疾病
1、胎儿期至新生儿期感染：母亲在孕期，特别是早孕时如感染了风疹，甚至流行性感冒等毒性疾病，易于导致胎儿的畸形和损伤。此外弓形体病及多种性病如艾滋病毒、阴部疱疹病毒及梅毒螺旋体等可通过胎盘或产道感染胎儿或新生儿导致脑损伤。
2、婴幼儿期至青春期感染：此时脑组织正处于发育成熟时期，此期各种脑炎、脑膜炎或由于严重其他躯体感染如肺炎、痢疾等所致的中毒性脑病等均可造成脑组织损伤。年龄越小，特别是在幼儿期，这类感染的损伤性越大。
二、化学性毒物
1、胎儿期：孕妇吸毒、大量抽烟及饮酒均可造成对胎儿严重损伤。例如在西方国家，随着女性滥饮酒者增多，已出现了一种新疾病---胎儿酒精综合征，这类患儿出生时面容就很特殊，智力低下，重者早夭。还有在妊娠时服用大量药物者，如服用大量抗精神病药物、三环类药物、抗癫痫药、安眠镇静药、大量激素均可造成胎儿脑组织损伤。此外，母孕期在工作或生活环境中接触或吸入大量有毒物质者，如苯、铅、一氧化碳等也可造成胎儿的脑损伤。
2、出生后：服用或注射过量药物，如超剂量的应用链霉素类药物注射，可导致听力减退，如在婴幼儿，则会导致聋哑症。长期滥用苯妥英类药物可导致智力减退。滥用“滋补强壮营养品”可导致性早熟、过度兴奋、烦躁、失眠等。婴幼儿咬噬含铅的塑料或金属玩具可导致铅中毒性脑病，以致智力低下或出现行为障碍。冬季在密闭下烤火或意外事故导致吸入大量一氧化碳可产生认知的严重损害。青少年吸食各种毒品，滥饮含酒精的饮料，更常常造成严重的行为和情绪障碍。
三、物理性损害
1、胎儿期：母孕期腹部受到过度的挤压或打击，过多的妇科检查或性生活，以及过量的X线照射等可能损伤胎儿。
2、围产期：母亲骨盆狭窄或畸形，或胎位不正，以至于出生时头部受到过分的挤压或牵引，脐带脱垂出生时未能及时处理好，或其他原因导致胎儿宫内窒息或新生儿窒息也可产生脑损伤。
3、婴幼儿期至青少年期：任何意外事故，如车祸、由高层楼房跌下、头部受打击等，均可造成不同程度的颅脑外伤，可能残留智力低下、人格障碍、行为或情绪改变等多种问题。
四、营养不良
1、胎儿期：母体在妊娠期由于严重的躯体疾病或妊娠反应，以至于长期摄食较少，或由于宗教信仰或个人习惯偏食、挑食等以致使蛋白质或某些维生素或微量元素的摄入不足，在某些发展中国家，由于经济贫困或战火连绵等社会因素使孕妇摄食严重不足等，均可造成胎儿的营养不良，可导致出生时低体重或早产儿等情况，这类儿童常常会有认知或行为情绪方面的问题。另一方面，有的妇女超期妊娠，未及时进行人工终止妊娠，这时胎盘从母体吸收的营养已经不够供给过熟胎儿的需要，也可能造成脑的损伤。
2、出生后：由于哺乳或喂养方法不当，严重的躯体疾病、挑食或社会经济贫困造成的食物缺乏等，均可导致儿童营养不良，或某些维生素或微量元素的不足，均可影响脑组织的正常发育，如缺锌可导致智力低下，硫胺缺乏或烟酸缺乏等均可出现急性器质性脑病---如谵妄，或情绪障碍等。
五、内分泌障碍或其他严重躯体疾病所致
1、胎儿期：先天性甲状腺功能低下，出生后可以有严重的智力低下等异常。严重的先天性心脏病，出生后由于长期缺氧也会出现智力低下、情绪障碍等问题。
2、出生后：甲状腺功能低下或亢进，肾上腺皮质激素功能低下或亢进，胶原系统疾病---如系统性红斑狼疮、硬皮病等，均可出现多种精神症状。严重的心、肺、肝、肾等功能不全，也会出现脑损害，严重时可出现昏迷。
六、癫痫
1、胎儿期：妊娠期有频繁的癫痫发作，或服用了大量的抗癫痫药物有可能损伤胎儿的脑组织。
2、出生后：
（1）癫痫频繁发作，特别是婴幼儿期的婴儿痉挛症，常常由于反复缺氧等原因而损伤脑组织，可表现为智力低下，人格改变，行为或情绪障碍。
（2）抗癫痫药物：长期超剂量的服用抗癫痫药物，如苯妥英类、鲁米那等，可能出现智力减退或运动操作性反应迟钝。
七、妊娠期严重精神创伤
现代研究发现，当妊娠时，如收到过强的精神刺激，或长期处于精神紧张焦虑、抑郁的压力之下，会损伤胎儿，导致流产、畸形或出生后的行为性格等方面的问题。